Существует ли общий, одинаковый для всех, справочник с полями LMSZID и categoryID, или эти uuid уникальны для каждой организации, даже если используется одна и та же льгота?
Нет, справочник формируется для каждого поставщика информации отдельно, но на основе единого классификатора.
Маленькая фишка в том, что не сможешь его сформировать, пока не получишь код  поставщика услуг

Код поставщика - первые 4 разряда кода поставщика, указанного в подтверждении регистрации данного поставщика в ЕГИССО.
При валидации код давали наобум в администрации МО, лишь бы не перекрывали друг-друга. В принципе, тут ничего страшного и не было - инфа шла чисто на сверку.

Игорь, я не уверен, что этого кода в выгрузке нет, обрати внимание, как формируются внутренние коды.

Не совсем так.
Перед выгрузкой необходимо вначале локализовать на основании общероссийского классификатора свой перечень получателей МСЗ, потом локализовать перечень МСЗ, тут то и фигурирует источник финансирования. Полученные в результате локализации коды в шестнатиричной системе и должны быть заполнены в отправляемом файле в первых двух столбцах.
А вот при локализации и требуется код поставщика информации, иначе этот шифр не сядет на твою организацию.

да, это один файл примерно такого вида:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!--Assistent_EGISSO 1.0.2.8-->
-<em:request xmlns:em="urn://egisso-ru/msg/10.05.I/1.0.2" xmlns:etlmsz="urn://egisso-ru/types/local-MSZ/1.0.2" xmlns:etplmsz="urn://egisso-ru/types/package-LMSZ/1.0.2">
-<etplmsz:package>
<etplmsz:packageID>526132d4-9b27-4072-ba4a-1a23fa5d0882</etplmsz:packageID>
-<etplmsz:elements>
-<etplmsz:localMSZ>
<etlmsz:ID>c0cecf01-5b0d-405b-8da3-e92b698c0547</etlmsz:ID>
<etlmsz:code>075077701050601</etlmsz:code>
<etlmsz:title>Компенсация расходов на оплату жилых помещений и коммунальных услуг в размере 50 процентов платы за наем и платы за содержание жилого помещения, включающей в себя плату за услуги, работы по управлению многоквартирным домом, за содержание и текущий ремонт общего имущества в многоквартирном доме, исходя из занимаемой общей площади жилых помещений государственного и муниципального жилищных фондов</etlmsz:title>
<etlmsz:dateEnact>2010-01-01</etlmsz:dateEnact>
<etlmsz:periodicityCode>01</etlmsz:periodicityCode>
-<etlmsz:classificationKMSZ>
<etlmsz:codePartKMSZ>040000</etlmsz:codePartKMSZ>
<etlmsz:codeMSZ>0506</etlmsz:codeMSZ>
<etlmsz:codeProvisionForm>01</etlmsz:codeProvisionForm>
<etlmsz:codeLevelNPA>01</etlmsz:codeLevelNPA>
-<etlmsz:localCategories>
-<etlmsz:localCategory>
<etlmsz:ID>69195578-f70f-41ea-a3cf-06317c3318ef</etlmsz:ID>
<etlmsz:code>075077711030000</etlmsz:code>
<etlmsz:title>Инвалиды Великой Отечественной войны и инвалиды боевых действий и приравненные к ним лица</etlmsz:title>
<etlmsz:codeCategoryKMSZ>11030000</etlmsz:codeCategoryKMSZ>
</etlmsz:localCategory>
</etlmsz:localCategories>
<etlmsz:cofinancing/>
</etlmsz:classificationKMSZ>
<etlmsz:territories/>
<etlmsz:reasons/>
<etlmsz:KBKCode>90100000000000000244</etlmsz:KBKCode>
<etplmsz:lastChanging>2017-11-16T05:11:26Z</etplmsz:lastChanging>
</etplmsz:localMSZ>
</etplmsz:elements>
</etplmsz:package>
</em:request>

т.е. тут сразу все описание МСЗ, включая внутренние коды.

хороший помощник формирования файла Assistent, работать можно еще до получения кода поставщика, потом просто вбиваешь код и по всем локальным справочникам пробегаешь и жмешь "сохранить" - поменяет на нужный код автоматом

https://yadi.sk/d/HjZMKAz63LmRnP
пасс 12345678